Para poder reinstalar nuestro querido ubuntu si perder las configuraciones de los programas instalados tendremos que buscar la carpeta Home, que es donde se guarda las configuraciones del sistema linux, para ello necesitamos privilegios de administrador, para lo cual vamos al terminal y escribimos: Sudo nautilus

Con este comando podremos configurar el sistema con privilegios(cuidado con lo que hacéis, ya que podemos fastidiarlo todo si toqueteamos donde no se debe), desde ahí nos vamos a Sistema de Archivos, seleccionamos Home, botón derecho y elegimos el lugar donde pensemos copiar la carpeta. Después de terminar de copiar reinstalamos el sistema.

Cuando tengamos operativo el sistema, buscamos donde guardamos la carpeta Home y sustituimos el de la nueva instalación,y ahora lo único que nos falta es reinstalar los programas que teníamos y listo!

Fuente: ilinux.es